為鼓勵企業加大創新投入，強化基礎研究發展，根據財政部、稅務總局《關于企業投入基礎研究稅收優惠政策的公告》精神，結合實際，上海市科學技術委員會會同國家稅務總局上海市稅務局對《上海市企業投入基礎研究合同登記操作指引（試行）》（滬科規〔2023〕16號）進行修訂。現將修訂后文件予以印發，請認真推進實施。

第一條（目的依據）為鼓勵企業加大創新投入，支持上海市基礎研究發展，根據《關于企業投入基礎研究稅收優惠政策的公告》（財政部稅務總局公告2022年第32號）（以下簡稱《公告》）文件精神，結合上海市實際，制定本操作指引。

第二條（政策范圍）本操作指引適用于企業出資給非營利性科學技術研究開發機構（科學技術研究開發機構簡稱“科研機構”）、高等學校和政府性自然科學基金用于基礎研究的活動。

（一）實施主體：出資方為企業，接收方為非營利性科研機構、高等學校和政府性自然科學基金。其中，非營利性科研機構、高等學校包括國家設立的科研機構和高等學校、民辦非營利性科研機構和高等學校。具體條件確定須符合《公告》要求。

（二）基礎研究是指通過對事物的特性、結構和相互關系進行分析，從而闡述和檢驗各種假設、原理和定律的活動。具體內容判斷須依據《公告》要求。

第三條（稅收政策）出資方和接收方可結合實際享受以下相關政策：

（一）加計扣除。對企業出資給非營利性科研機構、高等學校和政府性自然科學基金用于基礎研究的支出，在計算應納稅所得額時可按實際發生額在稅前扣除，并可按100%在稅前加計扣除。

（二）免征企業所得稅。對非營利性科研機構、高等學校接收企業、個人和其他組織機構基礎研究資金收入，免征企業所得稅。

第四條（責任分工）上海市科學技術委員會（以下簡稱市科委）負責基礎研究合同認定登記，進行基礎研究合同信息確認，委托上海市技術市場管理辦公室及相關登記處開展具體相關工作。國家稅務總局上海市稅務局（以下簡稱“市稅務局”）按有關規定要求落實稅收優惠政策。

第五條（合同文本）企業出資基礎研究應簽訂相關協議或合同，協議或合同中需明確資金用于基礎研究領域。本操作指引附件《基礎研究合同（模板）》可供參考使用。

第六條（操作流程1） 接收方注冊在上海市的，適用以下操作流程。

（一）申報類型為基礎研究合同認定登記，同一合同不得重復申請登記。

（二）接收方（合同乙方）注冊在上海市的，由接收方申請。

（三）采取在線申請登記，申請人可通過法人一證通登錄上海政務“一網通辦”受理平臺，進入“上海市科學技術委員會”專欄，選擇“行政確認-技術合同認定登記-立即辦理-新辦”“技術開發合同-基礎研究類技術開發合同”，并上傳合同原件及相關材料的掃描件。

（四）上海市技術市場管理辦公室對合同主體與合同內容的合規性、相符性等進行審核，審核通過的出具《上海市技術合同認定登記審核證明（基礎研究）》。申請人可在上海政務“一網通辦”受理平臺自行下載打印。

（五）審核證明自受理之日起7個工作日內出具，如疑難合同需專家評審的，最長不超過20個工作日。

第七條（操作流程2） 接收方注冊在外省市的，適用以下操作流程。

（一）申報類型為基礎研究合同信息確認，同一合同不得重復申請確認。

（二）出資方（合同甲方）注冊在上海市、接收方（合同乙方）注冊在外省市的，由出資方申請。

（三）采取線下申請方式，由上海市技術市場管理辦公室（52）登記處（技交所）受理。申請人需提供合同紙質原件及相關材料，經現場形式審查，對符合要求的合同出具材料接收單。

（四）在20個工作日內，對申請人提交的合同文本進行審核，符合要求的，由上海市技術市場管理辦公室向申請人出具基礎研究合同信息確認證明。

第八條（合同管理）企業和非營利性科研機構、高等學校和政府性自然科學基金管理單位應將本合同相關資料留存備查，包括企業出資協議、出資合同、相關票據等，出資協議、出資合同和出資票據應包含出資方、接收方、出資用途（注明用于基礎研究）、出資金額等信息。

第九條（監督監管）非營利性科研機構、高等學校和政府性自然科學基金管理單位應做好企業投入基礎研究的資金管理，建立健全監督機制，確保資金用于基礎研究，提高資金使用效率。

第十條（違規處理）對虛構、偽造基礎研究合同騙取加計扣除、減免稅等優惠政策的合同主體，按照相關法律法規予以處理，并納入科研失信行為記錄。

第十一條（解釋條款）本操作指引由市科委、市稅務局負責解釋。

第十二條（施行期限）本操作指引自2026年1月1日起施行，有效期至2030年12月31日。國家對相關稅收政策另有規定的從其規定。

來源：上海科委